【NGS】velvet・SPADesを使ったアセンブル
OS Ubuntu 18.04.2
conda 4.7.11
velvet インストール
# Anacondaでインストール conda install -c bioconda velvet
アセンブル (k-mer 21)
k-mer は奇数しか指定できないので注意。
#処理するデータの準備。(fastaでもok) velveth vel_21 21 -shortPaired -fastq **.fastq #コンティグ作成 velvetg vel_21 -ins_length 300 -read_trkg yes -amos_file yes #結果ファイル less vel_21/Log
SPADes インストール
# Anacondaでインストール conda install -c bioconda spades
アセンブル (kmer 21 ~ 55)
spades.py -k 21,33,55,77 --careful --only-assembler **.fastq -o spades_output
