OS Ubuntu 18.04.2 conda 4.7.11 velvet インストール # Anacondaでインストール conda install -c bioconda velvet アセンブル (k-mer 21) k-mer は奇数しか指定できないので注意。 #処理するデータの準備。(fastaでもok) velveth vel_21 21 -shortPaired -…

isucon9に出場し予選落ちしました。 isucon7の問題を多少練習したので(isucon8もちょっと)、チーム内のwikiが消えても大丈夫なようその時の手順をメモします。 自分用なので雑。 初期設定 alp 導入 #ダウンロード wget https://github.com/tkuchiki/alp/rele…

自分用メモ ちょっと修正 dbrp_data_get.py import json import os.path import sys import requests # 引数に指定したゲノム情報のアクセッション番号を検索し、accessibilityAPIの値からfastaファイルを取得するスクリプト。 # python dbrp_get.py [input_…

仕事でNCBIのデータをAPIで取得して、もろもろ作業したので、備忘のためにメモ。その前に簡単にE-utilsについて説明を。 ●E-utilsとは？ NCBIのEntrezデータベースからデータを利用するためのAPIのことです。 NCBIではgenomeやenzyme、論文等の情報が利用で…

・ニューラルネットワーク ・多層パーセプトロン(MLP) from sklearn.neural_network import MLPClassifier #散布図と決定境界の描画 mlp = MLPClassifier(solver='lbfgs', activation='tanh', max_iter=200, random_state=0, hidden_layer_sizes=[10, 10], a…

２週間くらいで一通り学習終わるだろと思っていたが、二章だけで２週間以上かかっている。がんばってペース上げたい。 ・mglearn.discrete_scatter(X[:, 0], X[:, 1], y_train) #x値、y値、label ndarray[a, b] で普通の２次配列のlリスト list[a][b]と同じ…

・疎行列、CRS形式とは？ 疎行列とは要素のほとんどが0の行列のこと。機械学習をしていると、疎行列が頻出するだとかなんとか。 0ばかりで埋め尽くされたデータでメモリを食われるのはもったいないよねってことで、 0以外の要素が入っているところをピックア…

■機械学習に触れるきっかけ 職場で機械学習を始めよう！！みたいな動きがあって、社内の勉強会に参加する機会がたびたびあり、参加してみたところ結構おもしろそうだったので勉強することにしました。 タイトルにもある以下の本を入門書として勉強を始めるこ…