OS Ubuntu 18.04.2 conda 4.7.11 velvet インストール # Anacondaでインストール conda install -c bioconda velvet アセンブル (k-mer 21) k-mer は奇数しか指定できないので注意。 #処理するデータの準備。(fastaでもok) velveth vel_21 21 -shortPaired -…

isucon9に出場し予選落ちしました。 isucon7の問題を多少練習したので(isucon8もちょっと)、チーム内のwikiが消えても大丈夫なようその時の手順をメモします。 自分用なので雑。 初期設定 alp 導入 #ダウンロード wget https://github.com/tkuchiki/alp/rele…

自分用メモ ちょっと修正 dbrp_data_get.py import json import os.path import sys import requests # 引数に指定したゲノム情報のアクセッション番号を検索し、accessibilityAPIの値からfastaファイルを取得するスクリプト。 # python dbrp_get.py [input_…