OS Ubuntu 18.04.2 conda 4.7.11 velvet インストール # Anacondaでインストール conda install -c bioconda velvet アセンブル (k-mer 21) k-mer は奇数しか指定できないので注意。 #処理するデータの準備。(fastaでもok) velveth vel_21 21 -shortPaired -…

自分用メモ ちょっと修正 dbrp_data_get.py import json import os.path import sys import requests # 引数に指定したゲノム情報のアクセッション番号を検索し、accessibilityAPIの値からfastaファイルを取得するスクリプト。 # python dbrp_get.py [input_…

仕事でNCBIのデータをAPIで取得して、もろもろ作業したので、備忘のためにメモ。その前に簡単にE-utilsについて説明を。 ●E-utilsとは？ NCBIのEntrezデータベースからデータを利用するためのAPIのことです。 NCBIではgenomeやenzyme、論文等の情報が利用で…